L’importation, l’exportation ou le transit de marchandises ainsi que la production nationale constituent les faits générateurs de la fiscalité indirecte. Cette fiscalité a pour principal objectif d’alimenter le budget de l’Etat. Sa collecte par le trésor national représente environ 56% de l’ensemble des recettes fiscales. Cette mission se caractérise donc par l’importance des sommes recouvrées du fait de l’action de la Direction Générale des Douanes et Droits Indirects.

La douane perçoit :                                                              

• La TIC sur les importations et la production nationale;
• Les accises sur les tabacs, alcools, les produits pétroliers, etc ;
• La TVA sur les produits importés des pays tiers;
• Divers impôts au profit d’autres administrations;

La douane a pour mission de fluidifier et de sécuriser les échanges économiques. Elle joue donc un rôle important dans le bon fonctionnement de l’économie nationale en :    

• Facilitant le commerce international à travers la mise en place des procédures simplifiées et de conseils personnalisés aux entreprises ; 
• Favorisant la localisation sur le territoire national d’activités dérivées, notamment du transport et de la logistique;
• Protégeant l’économie contre les pratiques déloyales tels que le dumping ou les contrefaçons.

Dans un espace ouvert aux échanges avec le reste du monde, la douane assure une mission essentielle de protection contre les grands courants de fraude en :

• luttant contre les fraudes fiscales et douanières dans le secteur commercial;
• luttant contre les grands trafics frauduleux liés à la criminalité organisée, notamment les trafics de stupéfiants, de contrefaçons, de cigarettes, d’armes , d’explosifs et des espèces animales et végétales menacées d’extinction.                                                                                                             

Par ailleurs, la douane djiboutienne est amenée, par ses moyens de contrôle en tout point d’introduction légale des marchandises et dans le cadre de la politique de protection du consommateur, à faire valoir pour le compte d’autres administrations la production de certains documents ou visa pour le dédouanement de certaines marchandises dites sensibles, par exemple la présentation d’un certificat sanitaire pour les produits d’origine animale attestant que la marchandise déclarée est apte à la consommation humaine.